Egy ionhajtómű, még a földi tesztelés során. (Kép: JAXA)
A hajtóművek ionizált xenon gázt lövellnek ki magukból nagy sebességgel, ami viszonylag kicsi, de állandó erővel gyorsítja magát az űrszondát, ellenkező irányba. A most tönkrement D jelű egység egy váratlan feszültségimpulzus után mondta fel a szolgálatot. Hasonló hiba okozta még 2007-ben egy másik ionhajtómű (B) vesztét. Az utolsó, még bekapcsolható hajtóművet, a C jelűt korábban épp azért ítélték pihenőre, mert egy ilyen hiba előjeleit vélték felfedezni rajta. Most nem maradt más lehetőség, mint feléleszteni és kipróbálni, hogy a szerkezet alkalmas-e még hosszabb ideig tartó működésre. (Az A jelű hajtómű már közvetlenül a start után tönkrement.)
A Hayabusa ionhajtóművei a szonda 2003. májusi startja óta összesen 40 ezer óra üzemidőn vannak túl, s igazából nem is tervezték őket ilyen hosszú utazásra. A szonda 2005 végén három hónapot töltött a kisbolygó közelében. 1600 képet, rengeteg színképi adatot gyűjtött, amelyek alapján részletesen sikerült megvizsgálni e földközeli kisbolygó összetételét, felépítését. Eltávozta után hajtóanyag-szivárgás lépett fel, majd megszakadt a kapcsolata a földi irányítókkal. A japán szakembereknek azonban a csodával határos módon sikerült úrrá lenniük a nehézségeken, holott elvesztettek két helyzetstbilizáló giroszkópot, és a fedélzeti akkumulátor sem működött teljes értékűen. Időközben azonban lekéstek a 2007-re tervezett visszatérést lehetővé tevő pályáról. Így csúszott a céldátum 2010-re.
Az Itokawa kisbolygóról vett anyagminta megléte sem biztos, bár a szakemberek reménykednek benne, hogy valamennyi felszíni anyagot mégis sikerült összeszedni. Mindenesetre ha van valami a szonda visszatérő kapszulájában, annak a legutóbbi tervek szerint 2010 júniusában kellett volna lejutni a Föld felszínére, valahol Ausztrália sivatagos területein. Most ez is kétségessé vált, bár a JAXA még nem adta fel a reményt!